MÜDEK, 2002 yılında Türkiye ve KKTC'de mühendislik eğitimi veren fakültelerin dekanlarından oluşan Mühendislik Dekanları Konseyi (MDK) tarafından, bu fakültelerin mühendislik lisans programlarının değerlendirmesi için ayrıntılı bir program düzenlemek ve uygulamak üzere, Mühendislik Değerlendirme Kurulu adı ile bağımsız bir platform olarak kurulmuş ve 2007 yılında dernekleşmiştir. MÜDEK idari personeli dışında, MÜDEK kurulları, komiteleri, çalışma grupları ve akreditasyon değerlendirme takımlarında görev alan tüm kişiler herhangi bir ücret almadan gönüllülük esasına göre çalışırlar.
MÜDEK (Mühendislik Eğitim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği);
-2003 yılında mühendislik programlarının değerlendirmesine başlamış,
-17 Kasım 2006 tarihinde Avrupa Mühendislik Eğitimi Akreditasyon Ağı (ENAEE - European Network for Accreditation of Engineering Education) adlı kuruluşa üye olmuş,
-25 Ocak 2007 tarihinde MÜDEK kısa adını kullanmaya devam ederek Mühendislik Eğitim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği adında bir sivil toplum kuruluşuna dönüşerek tüzel kişilik kazanmış,
-16 Kasım 2007 tarihinde Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından yükseköğretim kurumlarının mühendislik programlarında ulusal, sektörel ve program yeterlilikleri odaklı ulusal bir kalite güvence kuruluşu olarak resmen tanınmış, beş yıl süreli bu tanınma 01 Şubat 2013 tarihinde beş yıllığına yenilenmiş,
-21 Ocak 2009 tarihinden itibaren akredite edeceği mühendislik eğitimi programlarına EUR-ACE Label vermek üzere ENAEE tarafından 31 Aralık 2013 tarihine kadar yetkilendirilmiş ve bu yetkilendirme 16 Ekim 2013 tarihinde 31 Aralık 2018 tarihine kadar yenilenmiş;
-25 Haziran 2010 tarihinde IEA (International Engineering Alliance) Washington Accord'a aday üye (Provisional Status) olmuş ve
-15 Haziran 2011 tarihinde IEA -Washington Accord'a tam üye (Full Member Signatory) olmuştur.